O Cerrado, com área de aproximadamente 2.000.000km² (IBGE - 2.004), é o segundo maior bioma brasileiro. Apresenta localização central no país. Confronta-se com os biomas Amazônia ao norte, Caatinga a nordeste, Pantanal a sudoeste e Mata Atlântica a sudeste. Estudos e estimativas revelam que a riqueza da fauna e flora do Cerrado é muito maior do que se supôs até recentemente. Existem mais de 10.000 espécies vegetais, 142 espécies de mamíferos não-voadores, 935 espécies de aves e grande variedade de demais vertebrados e invertebrados. 44% da flora é endêmica. Espécies ameaçadas de vertebrados como a onça-pintada, o tatu-canastra, o lobo-guará, a águia-cinzenta e o cachorro-do-mato-vinagre possuem populações significativas no Cerrado. O avanço da fronteira agrícola sobre esse bioma intensificou-se a partir dos anos sessenta com a construção de Brasília. Hoje, existem menos de 50% de sua área original, dividida em fragmentos (Klink e Machado, 2.005).
A cobertura vegetal predominante do cerrado são as savanas – uma forma de cobertura em que árvores esparsas coexistem com arbustos e gramíneas. No entanto, na área de ocorrência do cerrado observam-se também florestas (onde predominam as árvores). Excetuando-se as matas ciliares, estima-se que as florestas cubram cerca de 15% da área do Cerrado. Nos grandes mapeamentos (PCBAP, IBGE e RADAM-Brasil), a cobertura vegetal da Serra da Bodoquena consiste principalmente de floresta estacional decidual sub-montana, ou seja, floresta de encostas onde a maioria das árvores perde as folhas na estação seca.
Alguns pesquisadores acreditam que a Serra da Bodoquena integraria o Domínio da Mata Atlântica. Para eles, o Domínio da Mata Atlântica corresponderia a uma cobertura florestal praticamente contínua, ainda que muito diversificada, que se estendia ao longo da costa, do Rio Grande do Norte ao Rio Grande do Sul, com amplas extensões para o interior, cobrindo a quase totalidade dos estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná e Santa Catarina, além de partes de Minas Gerais, Rio Grande do Sul, e Mato Grosso do Sul e de extensões na Argentina e no Paraguai. De fato, nas áreas mais úmidas da Serra da Bodoquena existem espécies de mata atlântica como o angico paraguaio, a guajuvira e a ata-do-mato. No entanto, a vegetação da Serra da Bodoquena apresenta semelhanças com a de outras florestas que se desenvolvem sobre solos calcários no Nordeste e no Centro-Oeste do Brasil.
A Serra da Bodoquena é um divisor de águas da Bacia do Alto Paraguai (BAP). A BAP ocupa uma área de aproximadamente 600.000km² na América do Sul, dos quais 363.442km² estão em território brasileiro. O Pantanal brasileiro responde por 147.629km² (41%) da área da BAP no Brasil. Os planaltos onde nascem os rios do Pantanal ocupam uma área de 215.813km² e representam 59% da área da BAP no território brasileiro (Harris et al., 2.005).
O Parque Nacional da Serra da Bodoquena, localizado em planalto homônimo da BAP, inclui a cabeceira de rios com importância regional no sudoeste do Mato Grosso do Sul: rio Perdido ao sul, rio Formoso a leste, rio da Prata a sudeste e rio Salobra ao norte. Tanto o Salobra como o Formoso e o Prata são tributários do Miranda, ao passo que o Perdido deságua no Apa. Os rios Miranda e Apa estão entre os principais tributários da margem esquerda do rio Paraguai, que por sua vez é um dos principais rios do Brasil, formalmente incluído na Bacia do Prata. Nos trechos altos dos rios da Prata, Formoso e Perdido existem extensos banhados, dos quais somente o do Perdido insere-se parcialmente no Parque.
A Serra da Bodoquena, ou planalto da Bodoquena, apresenta relevo cárstico. É composta de rochas carbonáticas muito puras (Sallun et al., 2.004). Constitui uma província espeleológica, ou seja, “uma região pertencente a uma mesma formação geológica onde ocorrem grandes corpos de rochas carbonáticas suscetíveis às ações cársticas” (Lino e Allievi). As cavidades secas são pouco freqüentes em comparação com outras províncias espeleológicas do Brasil. Até 2.003, estavam cadastradas na Sociedade Brasileira de Espeleologia 78 cavidades das quais apenas 30 foram mapeadas com precisão. Os levantamentos do CECAV para o plano de manejo resultaram na descrição de mais 80 novas cavidades.
Existem indícios da existência de grandes sistemas de cavernas inundadas, cuja exploração e mapeamento ainda estão no início. No geral, a dinâmica das águas pelo subsolo da Serra da Bodoquena é pouco conhecida (Sallun et al., 2.004).
A ação corrosiva das águas da chuva sobre as rochas libera sais (carbonatos de cálcio e de magnésio, por exemplo), que são responsáveis pelo gosto salobro e pela alta capacidade incrustante da água encontrada na Serra da Bodoquena. A deposição dos carbonatos em tufas calcárias no decorrer da drenagem é responsável pela formação de piscinas naturais e cachoeiras, resultando em uma paisagem rara no território nacional. As tufas permitem estudos sobre o clima e a hidrologia da pré-história da região, além de apresentar registros fósseis. “Em praticamente todas drenagens que cortam o planalto, há formação de tufas calcárias, o que torna o relevo do Planalto da Bodoquena distinto das demais áreas cársticas brasileiras. No mundo, este conjunto de tufas calcárias talvez seja superado, em beleza e tamanho, apenas pelos depósitos de tufas do Parque Plitivice na Croácia, reconhecido como Patrimônio da Humanidade pela UNESCO” (Boggiani, 1.999).